تنقسم الأمعاء الى قسمين رئيسيين، هما: الأمعاء الدقيقة والأمعاء الغليظة. ويتراوح طول الأمعاء الدقيقة بين ٦ و ٨ أمتار. تقوم الأمعاء الدقيقة بامتصاص المواد الغذائية التي يتم نقلها الى الدم ومنه الى جميع خلايا الجسم. تقوم الأمعاء الغليظة بتجميع فضلات الغذاء التي لا يحتاجها الجسم وامتصاص الماء منها وطرحها خارجاً. توجد في جدران الأمعاء الدقيقة مئات الملايين من الغدد الصغيرة التي تقوم بتحليل كل أنواع الغذاء. توجد بكتيريا تعيش في الأمعاء الغليظة غير ضارة للإنسان، إلا في حالات فقد المناعة المكتسبة، تقوم بإعادة امتصاص الطعام والماء والأملاح المعدنية.

شق الأمعاء أو بضع الأمعاء عملية جراحية تتضمن إحداث شق في جدار الأمعاء الدقيقة أو الغليظة، وقد تُجرى عمدًا للوصول إلى محتوى الأمعاء أو لإزالة انسداد أو جسم غريب، كما قد تظهر كشكل من مضاعفات جراحات البطن الاستكشافية وتتطلب خياطة متقنة ومتابعة لمنع تسرب محتوى الأمعاء وعدوى الصفاق.

اقتطاع الأمعاء عملية جراحية يُزال فيها جزء من الأمعاء الدقيقة أو الغليظة، ويسمّى استئصال القولون عند استئصال الأمعاء الغليظة. تُجرى لأمراض مثل السرطان والنخر والالتهابات الشديدة وداء كرون والداء الرتجي والانسداد وإزالة سليلات مهددة بالتحول، وقد تستلزم فغرًا معويًا أو قولونيًا وتسبب مضاعفات هضمية واستقلابية مثل متلازمة الأمعاء القصيرة.

الأمعاء الدقيقة أنبوب ملتف يمتد من البواب إلى الصمام القولوني، وهي تنتمي إلى الأمعاء الغليظة، ويبلغ طولها حوالي ٧ أمتار ويتناقص حجمها تدريجياً من بدايتها حتى نهايتها. توجد الأمعاء الدقيقة في الجزء الأوسط والسفلي من التجويف البطني، وتُحاط من الأعلى ومن الجانبين بالأمعاء الغليظة، وتمتد أسفل الفتحة العلوية من تجويف الحوض وتكون أمام المستقيم، كما ترتبط بالعمود الفقري بغشاء صفّاقي غشائي شفاف يُسمى المساريق. تقع الأمعاء الدقيقة بين المعدة والأمعاء الغليظة، وتتبع الجهاز الهضمي، ووظيفتها امتصاص المواد الغذائية. يبلغ عرضها ٢.٥ سنتيمتر وطولها ٦ أمتار، وهي أطول من الأمعاء الغليظة، وتمكّن من امتصاص الجزيئات وتؤدي دوراً حيوياً في توازن الماء والقواعد الحمضية. تهضم الأمعاء الدقيقة الدهون والبروتينات والنشويات في الطعام، ثم تُمتص المواد الغذائية الناتجة عبر بطانتها الدقيقة وتنتقل إلى تيار الدم، والصائم هو القسم الأوسط الملفوف منها، أما اللفائفي فهو الجزء النهائي الذي يؤدي إلى الأمعاء الغليظة.

متلازمة تسرب الأمعاء تصف الادعاء بزيادة نفاذية جدار الأمعاء وتأثيرها المرضي الواسع، وهي حالة افتراضية غير معترف بها طبياً. يربط بعض المناصرين الحالة بأمراض التهابية ومناعية وذاتية كالسكري وسرطان القولون والتهاب الأمعاء، لكن الأدلة ضعيفة ومتناقضة، وتروّج لأساليب غذائية ومكملات غير مثبتة علمياً.