كان نظام مانشوكو المركزي يتألف من رأس دولة إمبراطورياً يتولى سلطات رمزية ورئيس حكومة يقود مجلس الدولة، إلى جانب وزارات مركزية تقليدية مثل وزارة الداخلية ووزارة المالية ووزارة العدل ووزارة الحرب ووزارة الشؤون الخارجية ووزارة الزراعة ووزارة الصناعة ووزارة المواصلات، كما تضمنت أجهزة استشارية عليا ومجالس مخصوصة للإدارة العامة تنظم التشريع والرقابة التنفيذية. لعب مستشارون ومسؤولون عسكريون يابانيون دوراً بارزاً في توجيه السياسات والإشراف على عمل هذه المؤسسات، وكانت المناصب القيادية في الوزارات تتولى إدارة الشؤون اليومية وصياغة وتنفيذ القرارات الحكومية المركزية ضمن هيكل خاضع في الواقع لهيمنة الجهات الاستشارية اليابانية.
سبحان الله