اشتهر كوكب نبتون بوجود عاصفة ضخمة عُرفت باسم «البقعة المظلمة العظمى»، وقد رصدتها المركبة الفضائية «فوياجر ٢» عام ١٩٨٩. وتشبه هذه العاصفة في طبيعتها البقعة الحمراء العظيمة على كوكب المشتري، لكنها اختفت لاحقاً وظهرت عواصف مشابهة في مواقع أخرى.

تُعد «البقعة الحمراء العظيمة» على كوكب المشتري عاصفة عملاقة مستمرة منذ قرون، ويزيد قطرها على قطر كوكب الأرض، وقد رصدها الفلكيون منذ القرن السابع عشر وما تزال قائمة حتى اليوم، مع ملاحظة أن حجمها يتناقص تدريجيًا.

البقعة الحمراء العظيمة على كوكب المشتري عاصفة مضادة للأعاصير استمرت مشاهدتها قرونًا، لكنها ليست إعصارًا مداريًّا أرضيًّا بالمعنى العلمي. يبلغ عرضها حاليًّا أكثر من عرض الأرض بقليل، بعدما كانت أكبر في القياسات القديمة، وتمتد مئات الكيلومترات إلى عمق الغلاف الجوي. تدور داخل جو من الهيدروجين والهيليوم ولا تعتمد على محيط دافئ أو تكاثف الماء مثل أعاصير الأرض.

يُذكر أن كوكب نبتون كان أول كوكب يُكتشف اعتمادًا على تنبؤات رياضية بدلاً من الرصد التلسكوبي المباشر، حيث اعتمد اكتشاف نبتون على حسابات لحركة كوكب أورانوس ومحاولات تفسير شذوذ مداره، فاقترحت نماذج رياضية وجود كتلة كوكبية خارجية تؤثر بالجاذبية على حركة أورانوس، مما أدى إلى توجيه عمليات الرصد والتثبت التي أدت إلى تحديد موقع كوكب نبتون في السماء. هذا الاكتشاف يمثل مرحلة مهمة في تاريخ الفلك لأن استخدام الطرق الحسابية والتنبؤات الجاذبة وسّع إمكانيات كشف أجرام سماوية لم تُرصد مباشرة قبل ذلك، وعزّز الثقة في قوانين الجاذبية والقدرة على استنتاج وجود كواكب من آثارها على أجسام معروفة.

يستغرق اليوم على كوكب نبتون نحو ١٦ ساعة و٦ دقائق و٣٦ ثانية، ويعبر ذلك عن مدة دوران نبتون حول محوره مرة واحدة. مدة اليوم الكوكبي تختلف بين الكواكب وتعتمد على سرعة الدوران الذاتية، وفي حالة نبتون تشير القيمة ١٦ ساعة و٦ دقائق و٣٦ ثانية إلى أن نبتون يدور حول محوره أسرع من الأرض بكثير، إذ تستند هذه القيمة إلى قياسات فلكية لحركة الغلاف الغازي والمجال المغناطيسي للكوكب لتحديد فترة الدوران الذاتية.