جرى تحديد مصانع الصلب في ياهاتا كهدف للقنبلة التي سقطت على ناكازاكي، غير أن مسار العملية تغيّر في اللحظات الأخيرة، فانتقلت الضربة إلى المدينة نفسها. ويعكس ذلك طبيعة التخطيط العسكري في تلك المرحلة، حين كانت الأهداف تُراجع وفق اعتبارات الطقس والرؤية ومسار الطائرة، ما قد يؤدي إلى تبدل الموقع المقصود للهجوم.
اختيار هيروشيما كهدف للقنبلة النووية عام ١٩٤٥ جاء وفق معايير محددة تضمنت أن تكون المدينة غير مدمرة سابقاً وذات أهمية عسكرية وأن يظهر تدميرها تأثير السلاح بشكل واضح، وكانت هيروشيما مركزاً عسكرياً وصناعياً مهماً ولم تتعرض لقصف واسع قبل ذلك، ما جعلها مناسبة لقياس القوة التدميرية، في المقابل كانت طوكيو قد تعرضت لقصف جوي كثيف أدى إلى دمار واسع وخسائر كبيرة مما جعلها غير مناسبة لإظهار تأثير سلاح جديد، ولذلك أصبحت هيروشيما أول مدينة في التاريخ تتعرض لقصف نووي.
