يفحص المجهر الإلكتروني الماسح سطح العينة باستخدام شعاع إلكتروني يتحرك فوقها نقطةً بعد نقطة، ثم تُجمع الإشارات الناتجة لتكوين صورة ثلاثية الأبعاد نسبيًا لسطح الجسم. ويتميز هذا النوع بقدرته على إظهار تفاصيل البنية السطحية بدقة كبيرة، ويستخدم في الصناعات والأبحاث العلمية.

المجهر: المجهر البسيط هو عدسة يدوية واحدة، أما المجهر المركب فيتكوّن من عدستين أو أكثر. وقد ابتكر صانعا النظارات الهولنديان زكارياس وهانس يانسن المجهر المركب أثناء تجاربهما على عدسات مُثبتة داخل أنابيب، وهو ابتكار فتح الطريق لرؤية الأجسام الصغيرة بتكبير أكبر.

المجهر النفقي الماسح هو جهاز ابتكره غيرد بينيغ وهاينريش روهرر، وقد أتاح للمرة الأولى تصوير الذرات منفردة. مثّل هذا التطور نقلة مهمة في دراسة المادة على المستوى الذري، لأنه فتح المجال لرؤية بنى صغيرة للغاية لم يكن من الممكن تصويرها بهذه الدقة من قبل.

يمكن استخدام المجهر الإلكتروني في دراسة خلايا الدم وغيرها من العينات البيولوجية بدقة كبيرة، مما يساعد الخبراء على ملاحظة تفاصيل مجهرية قد تكون مهمة في التحاليل الطبية والجنائية. ويُظهر هذا الجهاز تراكيب الخلايا بصورة أوضح بكثير من المجهر الضوئي التقليدي.

إم أر سي صيغة ملفات مستخدمة في صناعة المجهر الإلكتروني فائق البرودة والتصوير المقطعي الإلكتروني لتمثيل خرائط ثلاثية الأبعاد مكوّنة من فوكسلات تحمل قيمًا لكتلة أو كثافة الإلكترون؛ طورت في مختبر الأحياء الجزيئية بمجلس البحوث الطبية البريطاني، ووُحّدت صياغتها عام ٢٠١٤ وتتيح مواصفاتها عبر مشروع CCP-EM.