المجهر الإلكتروني النافذ أداة مجهرية تستخدم حزمة من الإلكترونات لعبور عينة رقيقة جداً وتكوين صورة عالية التكبير والدقة. يتميز بقدرته على كشف تراكيب أصغر بكثير مما يسمح به المجهر الضوئي، لذلك استخدم في دراسة الخلايا والفيروسات والمواد والبلورات. تعتمد عدساته على المجالات الكهرومغناطيسية، وتحتاج العينات إلى تحضير دقيق وشرائح رقيقة جداً. أسهم هذا المجهر في إحداث تحول كبير في علوم الأحياء والمواد لأنه أتاح رؤية البنى الدقيقة داخل الخلايا والجزيئات.

يستخدم خبراء الأدلة الجنائية المجهر الإلكتروني عندما تكون العينات صغيرة جدًا بحيث لا يمكن دراستها بالمجاهر الضوئية التقليدية. ويعتمد هذا الجهاز على حزمة من الإلكترونات بدلًا من الضوء، مما يمنحه قدرة فائقة على إظهار تفاصيل دقيقة جدًا لا يمكن رؤيتها بالوسائل التقليدية.

المجهر الإلكتروني الماسح جهاز يستخدم حزمة إلكترونات لمسح سطح العينة وإنتاج صور عالية التكبير والوضوح لتضاريسها الدقيقة. يختلف عن المجهر الضوئي في اعتماده على الإلكترونات لا الضوء، مما يسمح بدراسة تفاصيل أصغر بكثير. يستخدم في علوم المواد والأحياء والجيولوجيا والطب الشرعي والصناعة. تكمن أهميته في أنه جعل السطح المجهري عالماً مرئياً، وفتح باباً واسعاً لفهم البنية الدقيقة للمواد والكائنات.

يفحص المجهر الإلكتروني الماسح سطح العينة باستخدام شعاع إلكتروني يتحرك فوقها نقطةً بعد نقطة، ثم تُجمع الإشارات الناتجة لتكوين صورة ثلاثية الأبعاد نسبيًا لسطح الجسم. ويتميز هذا النوع بقدرته على إظهار تفاصيل البنية السطحية بدقة كبيرة، ويستخدم في الصناعات والأبحاث العلمية.

المجهر الإلكتروني الذي طوّره إرنست روسكا وماكس نول استخدم الإلكترونات لإنتاج صور مكبرة حتى ٤٠٠ مرة. وقد مثّل هذا الأسلوب نقلة مهمة في التصوير المجهري، لأنه تجاوز حدود التكبير التقليدي وأتاح رؤية تفاصيل أدق من تلك التي تكشفها الأدوات البصرية العادية.