جيولوجيا سقطرى جزء من جيولوجيا اليمن، وتكشف عن تاريخ قديم من الصخور المتحولة والنارية والرواسب البحرية التي ترسبت خلال مراحل غمر بحري وانكشاف لاحقة. أسهم موقع الجزيرة المعزول في خليج عدن قرب القرن الإفريقي في حفظ تضاريس وبيئات فريدة، من جبال جرانيتية وهضاب جيرية وسواحل صخرية ورملية. ترتبط هذه الجيولوجيا بتنوع نباتي وحيواني استثنائي في الأرخبيل. تمثل سقطرى مختبراً طبيعياً يجمع بين الجيولوجيا والعزلة الحيوية.