أمر النبي محمد بهدم مسجد الضرار لأنه اعتقد أن هذا المسجد أُقيم لإثارة الفرقة بين المسلمين، عبر جذب الناس بعيداً عن مسجد آخر وجعلها موضعاً للتنازع بدلاً من أن تكون مكاناً للعبادة والوحدة. وبهذا ارتبط هدمه باعتباره إجراءً يهدف إلى منع الانقسام وحماية تماسك الجماعة المسلمة في ذلك الوقت.
