تبلغ تكلفة بناء مسجد مالابو نحو ٢,٠٠٠,٠٠٠,٠٠٠ فرنك من فرنك وسط أفريقيا، وهو رقم يعكس حجم المشروع وما تطلّبه من موارد مالية كبيرة لإنجازه. ويُعد هذا المبلغ مؤشراً على المكانة المعمارية والرمزية للمسجد، إذ ارتبط تشييده باستثمار واسع النطاق في أحد أبرز المعالم الدينية في مالابو.
