وقود حيوي ميكروبي هو وقود حيوي يُنتَج عبر كائنات دقيقة مثل البكتيريا والسيانوبكتيريا والطحالب والفطريات مستخدماً تقنيات حيوية متقدمة ومعامل تكرير حيوية لرفع الإنتاجية؛ تُستخدم هذه التقنية في تحويل النفايات الصناعية والغازية مثل ثاني أكسيد الكربون إلى مركبات طاقية قيّمة عبر عمليات تحويل حيوي لتحصيل وقود نظيف وقابل للتجديد.
