الكنيسة الإستونية الأرثوذكسية، المعروفة أيضاً بالكنيسة الإستونية الرسولية الأرثوذكسية، هي كنيسة أرثوذكسية شرقية شبه مستقلة في إستونيا؛ نالت استقلالاً إدارياً عام ١٩٢٣ مع تبعية خارجية للبطريرك المسكوني، ضُمّت أثناء الحقبة السوفييتية ثم استعادت وضعها السابق عام ١٩٩٦، ويتبعها نحو ٢٠٠٠٠ مؤمن عام ٢٠٠٣ وتترأسها متروبوليت تالين وسائر إستونيا استفانوس.
