تستطيع المياه الجوفية إذابة بعض أنواع الصخور تدريجيًا، ولا سيما الصخور الجيرية القابلة للذوبان في الماء الضعيف الحموضة. ومع اتساع الشقوق والممرات على مدى فترات طويلة تتكون الكهوف الجوفية والبرك والمجاري المائية، وقد تنشأ داخلها تراكيب معدنية مثل الهوابط والصواعد نتيجة ترسب المواد الذائبة.

تخزين المياه الجوفية وإنعاشها عملية إعادة حقن مياه صالحة للاستخدام في طبقات المياه الجوفية لتغذيتها واستعادتها لاحقًا للشرب والصناعة والزراعة، وتقوم على تغذية المكامن بمياه الفيضانات وحقن المياه الضحلة في المكامن العميقة مع استرجاعها صيفًا للريّ وتقليل تصريفات السطح وتكاليف المعالجة والتبريد.

البحيرة الجوفية هي جسم مائي محصور تحت سطح الأرض، يتشكل داخل الفراغات الصخرية مثل الكهوف أو الطبقات المشبعة في الخزانات الجوفية وقد يتغذى من الينابيع؛ عادةً منخفضة الملوحة وتتنوع أحجامها من مسطحات صغيرة إلى بحيرات كهفية كبيرة كالبحيرة غير الجليدية في كهف دراجون بناميبيا التي تصل إلى نحو ٢ هكتار، وتظهر أمثلة أخرى في كهوف كريغيد بتينيسي.

يبلغ متوسط زمن انتقال المياه عبر حوض المياه الجوفية الكلسي "واريبابا آرثر" نحو ٨ سنوات، وهو ما يعني أن المياه التي تتسرب إلى هذا النظام الجوفي تحتاج في المتوسط إلى هذه المدة قبل أن تخرج منه أو تُستعاد من خلاله. ويعكس هذا الزمن طبيعة الخزان الجوفي ومسارات الجريان داخله، إذ تتحرك المياه عبر الشقوق والمسامات في الصخور الكلسية ببطء نسبي، مما يجعل استجابة الحوض للتغذية المائية والتغيرات البيئية تدريجية وليست فورية.

معهد بحوث المياه الجوفية معهد تابع للمركز القومي لبحوث المياه بمنطقة القناطر الخيرية، يقوم بالدراسات والأبحاث الموقعية والإقليمية ووضع برامج استراتيجية لتحديث مخططات تنمية وإدارة وحماية المياه الجوفية، ويشارك في إنشاء قواعد بيانات وخرائط لتقييم وتوزيع الموارد وتحقيق الأمن المائي.