القضايا البيئية حول الشعاب المرجانية تشمل التلوث، وارتفاع حرارة المياه، والتحمض، والصيد الجائر، والصيد بالتفجير أو السيانيد، واستخراج المرجان، والترسيب الناتج عن العمران والسواحل. تؤدي هذه العوامل إلى ابيضاض المرجان وتراجع التنوع الحيوي وفقدان موائل الأسماك والكائنات البحرية. ترتبط صحة الشعاب بصحة المحيطات والمجتمعات الساحلية التي تعتمد عليها. وتمثل حماية الشعاب مسألة بيئية واقتصادية، لأنها تجمع بين الجمال الطبيعي ومصائد الأسماك والسياحة واستقرار النظم البحرية.