النهاية الكربوكسيلية أو الطرف الكربوكسيلي للبروتين هي أحد طرفي سلسلة ببتيدية ينتهي بمجموعة كربوكسيل حرة (-COOH)، ويُرمَز إليه بالطرف C أو C-terminus. البروتين يُبنى أثناء الترجمة ابتداءً من الطرف الأميني نحو الطرف الكربوكسيلي، ويُكتب عادة ترقيم الببتيد من اليسار (N) إلى اليمين (C).
