الأحياء الدقيقة البشرية هي مجموع الكائنات المجهرية التي تعيش على جسم الإنسان وداخله، في الجلد والفم والأمعاء والجهاز التنفسي ومناطق أخرى. تضم بكتيريا وفطريات وفيروسات وكائنات أخرى، ولا تعد كلها ضارة، بل يسهم كثير منها في الهضم والمناعة وتنظيم التوازن البيئي الداخلي. يختلف تركيبها بحسب الغذاء والعمر والبيئة والأدوية، ولا سيما المضادات الحيوية. تمثل الميكروبات البشرية شريكاً حيوياً في صحة الإنسان، إذ لم يعد الجسم ينظر إليه ككيان منفصل، بل كنظام بيئي معقد يعيش مع كائنات دقيقة تؤثر في المرض والصحة.