تحتوي خلايا جسم ذبابة الفاكهة على ثمانية كروموسومات مرتبة في أربعة أزواج، وهو عدد أقل بكثير من الإنسان، مما يجعل تحليلها الوراثي أكثر سهولة. ورغم هذا الاختلاف، فإن كثيرًا من الجينات المنظمة للنمو والتطور لدى ذبابة الفاكهة لها نظائر تؤدي وظائف مشابهة في الإنسان والثدييات الأخرى.
سبحان الله