لم ينته وجود الطاعون في أوروبا بانحسار موجة الموت الأسود الأولى نحو ١٣٥٣، بل استمرت الجائحة الثانية في إحداث موجات متكررة لقرون. شهدت مدن ومناطق أوروبية أوبئة كل بضعة أعوام خلال أواخر العصور الوسطى، ثم وقعت موجات كبيرة مثل طاعون لندن سنة ١٦٦٥ وطاعون مرسيليا بين ١٧٢٠ و١٧٢٢، قبل أن يتراجع المرض تدريجيًّا في أوروبا خلال القرن ١٨.
