الأليل في علم الوراثة نسخة أو صورة بديلة من الجين في موضع وراثي معين على الكروموسوم، وقد يؤدي اختلافه إلى ظهور صفات مختلفة أو إلى فروق طفيفة لا تظهر بوضوح. تحمل الكائنات ثنائية المجموعة الكروموسومية نسختين من كل جين، إحداهما من الأب والأخرى من الأم، فإذا كان الأليلان متماثلين وصف الفرد بأنه متماثل الزيجوت، وإذا اختلفا وصف بأنه متباين الزيجوت. وتظهر أهمية الأليلات في فهم الوراثة والصفات السائدة والمتنحية وتعدد الأشكال داخل الجماعات الحية، مثل اختلاف فصائل الدم أو بعض الصفات الشكلية والوظيفية. ويمثل مفهوم الأليل أساساً في تفسير التنوع الحيوي وانتقال الصفات بين الأجيال.