تتكاثر الخفافيش ببطء مقارنةً بالقوارض والثدييات الصغيرة الأخرى، إذ تلد إناث أنواع كثيرة صغيراً واحداً فقط في السنة، وقد تلد بعضها توأماً. وتطول مدة الحمل والرعاية، ولذلك تحتاج الجماعات التي تتعرض للنفوق أو فقد الموائل إلى سنوات طويلة حتى تستعيد أعدادها السابقة.
