يمكن لبعض الخفافيش حمل فيروس داء الكلب، كما قد يرتبط تراكم فضلاتها بفطر يسبب داء النوسجات، لكن انتقال المرض إلى الإنسان نادر مقارنةً بعدد الخفافيش الموجودة. ويزداد الخطر عند لمس خفاش باليد أو التعرض لعضة أو دخول مكان مغلق ملوث بالغبار، لذلك يُنصح بعدم الإمساك بها واستشارة الجهات الصحية عند الاتصال المباشر.