يغلب اللون البني أو الأسود أو الرمادي على فراء الخفافيش، لكنه ليس القاعدة الوحيدة، إذ توجد أنواع ذات فرو أحمر أو برتقالي أو أصفر أو ذهبي، وأخرى تحمل بقعاً بيضاء واضحة. وتساعد هذه الألوان أحياناً على التمويه بين الأوراق أو اللحاء، وقد تؤدي أيضاً دوراً في التعرف إلى أفراد النوع.