لا تعيش جميع الخفافيش في مستعمرات هائلة، فبعض الأنواع يبيت منفرداً تحت ورقة أو لحاء شجرة، وبعضها يعيش في أزواج أو مجموعات عائلية صغيرة. ويتحدد حجم التجمع بحسب النوع والموسم ودرجة الحرارة وتوافر المأوى، وقد تنتقل الأنواع نفسها بين العيش المنفرد والمستعمرات خلال مراحل مختلفة من السنة.