تؤدي خفافيش الفاكهة دوراً مهماً في تجديد الغابات الاستوائية، إذ تبتلع الثمار ثم تنقل بذورها بعيداً عن الشجرة الأم وتطرحها مع الفضلات أثناء الطيران أو الاستراحة. وتساعد هذه العملية النباتات على استعمار المناطق المتدهورة، مع أن القول إن بعض البذور لا تنبت إلا بعد مرورها في أمعاء الخفافيش لا ينطبق على جميع الأنواع.