تعرضت خفافيش الفاكهة في غوام وجزر ماريانا لصيد كثيف لأنها استُخدمت طعاماً تقليدياً، كما خسرت أجزاء من موائلها وتضررت من أنواع دخيلة. ويُعد خفاش فاكهة ماريانا نوعاً مهدداً، وتعمل برامج الحماية على تقليل الصيد وحماية مواقع المبيت والأشجار التي يعتمد عليها في الغذاء.