بلوتو تحرك داخل مدار نبتون في ٧ فبراير ١٩٧٩، وهو الحدث الذي مثل أول دخول لبلوتو داخل مدار نبتون منذ اكتشاف أحدهما. يشير هذا الوصف إلى أن موقع بلوتو المداري بالنسبية إلى نبتون أصبح أقرب إلى الشمس من نبتون خلال تلك الفترة، وهو نتيجة لاختلاف أشكال ومدارات الكواكب القزمة والكرات السماوية حول الشمس. يُذكر أن مثل هذه الظاهرة تعتمد على مدارات غير دائرية ومائلة تسمح بأن يتقاطع أو يتقارب موقع كوكب قزم مع مدار كوكب عملاق في أزمنة محددة دون أن يعني ذلك حدوث اصطدام بينهما، وتُستخدم مواعيد مثل ٧ فبراير ١٩٧٩ كنقاط مرجعية لدراسة الديناميكا المدارية لبلوتو وعلاقته مع نبتون.

عبور بلوتو لمدار نبتون في ١١ فبراير ١٩٩٩ يمثل حدثًا مداريًا مهمًا؛ فقد عبر كوكب القزَم بلوتو مدار الكوكب العملاق نبتون، منهياً فترة تقارب دامت قرابة ٢٠ عامًا كان خلالها بلوتو أقرب إلى الشمس من نبتون. يوضح هذا العبور أن المسارات البيضاوية والمائلة للأجرام في النظام الشمسي قد تؤدي إلى تبادل نسبي في القرب من الشمس بين أجسام مختلفة، وأن تعامد المدارات لا يضمن ثبات ترتيب المسافات عبر الزمن. لا يُتوقع أن يتقاطع مدار بلوتو مع مدار نبتون مرة أخرى قبل عام ٢٢٣١، ما يبرز طول المدد المدارية والتنبؤات المتعلقة بحركة الأجرام الصغيرة في النظام الشمسي.

يُقصد بأن بلوتو يكون أقرب إلى الشمس من نبتون في فترات محددة بسبب اختلاف مداري كوكبيه، وحدثت إحدى هذه الفترات في المدّة من ١٩٧٩ إلى ١٩٩٩، فخلال هذه الفترة كانت مسافة بلوتو إلى الشمس أقل من مسافة نبتون إلى الشمس نتيجة ميل وحجم مداريهما المختلفين، ومع انتهاء عام ١٩٩٩ عاد نبتون إلى أن يكون أقرب للشمس من بلوتو وفق المسارات المدارية المعروفة.

يُعد كوكب نبتون الكوكب الثامن والأبعد بين الكواكب الثمانية الرئيسية في المجموعة الشمسية، ويدور حول الشمس في مدار يتراوح بعده بين نحو ٤.٤٦ و٤.٥٤ مليارات كيلومتر. ويؤدي هذا البعد الهائل إلى تلقيه كمية ضئيلة جداً من ضوء الشمس مقارنة بالكواكب الداخلية.

يميل مدار بلوتو بزاوية واضحة على مستوى مدارات معظم الكواكب، ولذلك لا يدور في المستوى نفسه تقريباً الذي تتحرك فيه الكواكب الرئيسية. ويجعل هذا الميل بلوتو واحداً من أكثر الأجرام الكبرى اختلافاً في شكل مداره داخل المجموعة الشمسية.