كليمنت الخامس (١٢٦٤ - ١٣١٤): بابا روما الذي نقل مقر البابوية من روما إلى مدينة أفينيون في فرنسا، منهياً مرحلة طويلة من إقامة البابوات في العاصمة الإيطالية. ارتبط عهده بتزايد النفوذ الفرنسي في شؤون الكنيسة، وكان لنقل مقر البابوية أثر بالغ في التاريخ الديني والسياسي لأوروبا.

كلمنت الخامس بابا كاثوليكي ارتبط اسمه بمرحلة انتقال مقر البابوية إلى أفنيون، وهي خطوة أثرت بعمق في هيبة البابوية وعلاقتها بالملوك الأوروبيين. عرف عهده أيضاً بقضية فرسان الهيكل وما تعرضوا له من قمع ومحاكمات تحت ضغط السلطة الفرنسية، مع أنه عفا عن بعض قادتهم في مراحل من التحقيق. وتمثل سيرته مرحلة تداخلت فيها السلطة الدينية بالمصالح الملكية، وبدأت فيها البابوية تفقد جانباً من استقلالها الرمزي والسياسي.

غريغوريوس الخامس عشر (١٥٥٤–١٦٢٣): بابا الكنيسة الكاثوليكية وحاكم دول البابوية من ١٦٢١ حتى ١٦٢٣، أنشأ مجمع نشر الإيمان لدعم البعثات الكاثوليكية وكان مسؤولاً عن تطويب وتقديس عدد من القديسين في زمن الإصلاح المضاد.

بابا الكنيسة الكاثوليكية بولس الثالث أصدر أنباءً بابوية بعنوان «إيوس كوي إموبيليس» تعلن حرمان الملك هنري الثامن ملك إنجلترا من مجتمع الكنيسة الكاثوليكية بسبب إقراره قانوني السيادة اللذين منحهما سلطة دينية وسياسية منفصلة عن روما؛ هذه النتيجة تشير إلى فصل هنري الثامن عن الكنيسة الكاثوليكية وحرمانه من الأسرار الكنسية، مع ملاحظة أن نص البابوية المذكور قد لا يكون نُشر فعلياً وفق بعض المصادر، مما يجعل تطبيقه ونشر أحكامه محل ترجيح تاريخي.}.

أوربان الثاني بابا فرنسي تولى البابوية في روما، وكان من دعاة الإصلاح الأخلاقي والتنظيمي داخل الكنيسة. عقد مجالس كنسية متعددة، واشتهر خصوصاً بمجلس كليرمونت في فرنسا الذي ارتبط بالدعوة إلى الحملة الصليبية الأولى. واجه معارضة قوية من الإمبراطور الألماني هنري الرابع ومن خصوم بابويين نازعوه السيطرة على روما، لكنه عرف بمهارته الدبلوماسية وقدرته على إدارة التحالفات، ولا سيما في شمال إيطاليا.