خلال إحدى محاكمات محاكم التفتيش المكسيكية، وُجِّهت إلى ١٢٣ رجلاً تهمة المثلية الجنسية، إلا أن ٩٩ منهم تمكنوا من الفرار قبل استكمال الإجراءات. وتكشف هذه الحادثة عن طبيعة الملاحقات التي كانت تُدار آنذاك، وما رافقها من خوف واضطراب دفع عدداً كبيراً من المتهمين إلى الهرب قبل صدور الأحكام.

غاليليو غاليلي، الفلكي الإيطالي، أُحضر أمام محكمة التفتيش واتُّهم بالهرطقة لأنه اعتنق النظرية الجديدة التي تقول إن الأرض تدور حول الشمس لا العكس كما كانت تعلّم الكنيسة الكاثوليكية الرومانية. وقد أُجبر على التراجع عن رأيه، وقضى آخر سبعة وعشرين عامًا من حياته تحت الإقامة الجبرية.

هنريك الثاني (١٥١٧ - ١٥٥٩): ملك فرنسا من عام ١٥٤٧ حتى وفاته، وهو ابن الملك فرنسوا الأول. شهد عهده استمرار الصراع مع آل هابسبورغ، كما اتسم بتشديد الإجراءات ضد البروتستانت داخل فرنسا. توفي متأثرًا بإصابة تعرض لها خلال إحدى مباريات المبارزة الاحتفالية، وخلفه ابنه فرنسوا الثاني على العرش.

محاكم التفتيش الإسبانية مؤسسة دينية وقضائية أنشأها الملوك الكاثوليك بموافقة بابوية، وخضعت للملكية الإسبانية بهدف مراقبة العقيدة وملاحقة من عدّتهم الكنيسة مخالفين للإيمان الكاثوليكي. استهدفت في بدايتها اليهود والمسلمين الذين أُجبروا على التنصر ثم اتهموا بممارسة أديانهم سراً، ولاحقاً شملت البروتستانت وغيرهم من المتهمين بالهرطقة. ارتبطت هذه المحاكم بسياسات توحيد الدين بعد سقوط الأندلس، وبإجراءات قاسية شملت التعذيب والمصادرة والإعدام والحرق والطرد وحظر اللغة والعادات المرتبطة بالمسلمين واليهود. وبقيت في الذاكرة التاريخية رمزاً للتعصب الديني واستخدام السلطة السياسية والقضائية لفرض التجانس العقدي ومحو التنوع الثقافي والديني.

محاكم التفتيش مؤسسات كنسية كاثوليكية أنشئت لمحاكمة من عدتهم الكنيسة خارجين عن العقيدة الرسمية أو متهمين بالهرطقة، وبلغ نشاطها ذروته في أوروبا خلال العصور الوسطى وبدايات العصر الحديث. اعتمدت هذه المحاكم التحقيق والوشاية والاستجواب وأحياناً التعذيب، وقد ارتبطت في الذاكرة التاريخية بأحكام قاسية شملت السجن والمصادرة والحرق. امتدت آثارها إلى قضايا فكرية ودينية كبرى، وواجهها مصلحون وفلاسفة وعلماء اتهموا بمخالفة التعليم الكنسي. وتمثل محاكم التفتيش مرحلة من تداخل السلطة الدينية والقضائية والسياسية، ومن صراع أوروبا الطويل بين العقيدة الرسمية وحرية الفكر.