يعتمد المجهر الإلكتروني النافذ على تمرير الإلكترونات عبر شرائح رقيقة جدًا من العينة، مما يسمح بدراسة تركيبها الداخلي على المستوى المجهري والدون مجهري. ويُستخدم هذا النوع في علوم الأحياء والفيزياء وعلوم المواد لفحص البنى الداخلية للخلايا والبلورات والجزيئات الكبيرة.

يعتمد عمل المجهر الإلكتروني على توجيه حزمة من الإلكترونات نحو العينة باستخدام عدسات كهرومغناطيسية بدلًا من العدسات الزجاجية. وبعد تفاعل الإلكترونات مع سطح العينة، تُجمع الإشارات الناتجة لتكوين صورة عالية الدقة تكشف تفاصيل دقيقة لا تستطيع المجاهر الضوئية إظهارها.

تُعد تقنية تسلسل الحمض النووي باستخدام المجهر الإلكتروني النافذ من التقنيات الحديثة الواعدة في مجال التحليل الجزيئي، إذ تتيح قراءة تسلسل جزيئات الحمض النووي بصورة فردية، بدل الاعتماد على عينات مجمعة. وتكتسب هذه المنهجية أهميتها من قدرتها على إتاحة مستوى أعلى من الدقة في التعامل مع المادة الوراثية، ما يجعلها خياراً بحثياً مرشحاً لتطوير أساليب الفحص والتسلسل في المستقبل.

المجهر: المجهر البسيط هو عدسة يدوية واحدة، أما المجهر المركب فيتكوّن من عدستين أو أكثر. وقد ابتكر صانعا النظارات الهولنديان زكارياس وهانس يانسن المجهر المركب أثناء تجاربهما على عدسات مُثبتة داخل أنابيب، وهو ابتكار فتح الطريق لرؤية الأجسام الصغيرة بتكبير أكبر.

المجهر الإلكتروني الذي طوّره إرنست روسكا وماكس نول استخدم الإلكترونات لإنتاج صور مكبرة حتى ٤٠٠ مرة. وقد مثّل هذا الأسلوب نقلة مهمة في التصوير المجهري، لأنه تجاوز حدود التكبير التقليدي وأتاح رؤية تفاصيل أدق من تلك التي تكشفها الأدوات البصرية العادية.