المجهر الإلكتروني جهاز يستخدم حزمة من الإلكترونات بدلاً من الضوء لتكوين صور عالية الدقة للأجسام الصغيرة جداً. يسمح بقوة تمييز أكبر من المجاهر الضوئية بسبب قصر طول موجة الإلكترونات، ولذلك يكشف تفاصيل الخلايا والفيروسات والمواد والسطوح النانوية. توجد منه أنواع رئيسية مثل المجهر الإلكتروني النافذ والمجهر الإلكتروني الماسح، ولكل منهما طريقة في إظهار البنية الداخلية أو السطحية. يحتاج إلى تحضير خاص للعينات وبيئة مفرغة من الهواء. يمثل المجهر الإلكتروني أداة أساسية في الأحياء الدقيقة وعلوم المواد والتقنية النانوية.

المجهر الإلكتروني النافذ أداة مجهرية تستخدم حزمة من الإلكترونات لعبور عينة رقيقة جداً وتكوين صورة عالية التكبير والدقة. يتميز بقدرته على كشف تراكيب أصغر بكثير مما يسمح به المجهر الضوئي، لذلك استخدم في دراسة الخلايا والفيروسات والمواد والبلورات. تعتمد عدساته على المجالات الكهرومغناطيسية، وتحتاج العينات إلى تحضير دقيق وشرائح رقيقة جداً. أسهم هذا المجهر في إحداث تحول كبير في علوم الأحياء والمواد لأنه أتاح رؤية البنى الدقيقة داخل الخلايا والجزيئات.

يعتمد المجهر الإلكتروني النافذ على تمرير الإلكترونات عبر شرائح رقيقة جدًا من العينة، مما يسمح بدراسة تركيبها الداخلي على المستوى المجهري والدون مجهري. ويُستخدم هذا النوع في علوم الأحياء والفيزياء وعلوم المواد لفحص البنى الداخلية للخلايا والبلورات والجزيئات الكبيرة.

المجهر الإلكتروني الماسح جهاز يستخدم حزمة إلكترونات لمسح سطح العينة وإنتاج صور عالية التكبير والوضوح لتضاريسها الدقيقة. يختلف عن المجهر الضوئي في اعتماده على الإلكترونات لا الضوء، مما يسمح بدراسة تفاصيل أصغر بكثير. يستخدم في علوم المواد والأحياء والجيولوجيا والطب الشرعي والصناعة. تكمن أهميته في أنه جعل السطح المجهري عالماً مرئياً، وفتح باباً واسعاً لفهم البنية الدقيقة للمواد والكائنات.

المجهر الإلكتروني الذي طوّره إرنست روسكا وماكس نول استخدم الإلكترونات لإنتاج صور مكبرة حتى ٤٠٠ مرة. وقد مثّل هذا الأسلوب نقلة مهمة في التصوير المجهري، لأنه تجاوز حدود التكبير التقليدي وأتاح رؤية تفاصيل أدق من تلك التي تكشفها الأدوات البصرية العادية.