البنية الجزيئية الحيوية الشكل الثلاثي الأبعاد الذي تتخذه الجزيئات الحيوية مثل البروتينات والدنا والرنا، وهو شكل ضروري لأداء وظائفها داخل الخلية. تتحدد هذه البنية بتسلسل الوحدات الكيميائية والتفاعلات بينها، وقد تشمل مستويات متعددة من الطي والترتيب. فهم البنية الجزيئية الحيوية أساس في البيولوجيا والكيمياء الحيوية والطب، لأنه يفسر عمل الإنزيمات والجينات والأدوية والأمراض الناتجة عن خلل في الطي أو التركيب.

تشمل البنى السطحية للملح البنية التقدمية الانفجارية، وهي تكوّن يتدفق فيه الملح تحت تأثير الضغط الجاذبي، فيتحرك على هيئة كتلة لَدِنة تندفع تدريجياً نحو السطح أو على امتداده. وتُعد هذه الآلية من السمات المهمة في تشكل تضاريس الملح، إذ تعكس قابلية المادة الملحية للانسياب عندما تتعرض لظروف ضغط غير متكافئة، فتنتج عنها أشكال بنيوية مميزة ترتبط بحركة الملح داخل القشرة الأرضية.

البنية الجزيئية الهرمية المزدوجة خماسية السطوح شكل هندسي جزيئي تكون فيه ذرة مركزية محاطة بسبع ربيطات تقع على زوايا هرم مزدوج ذي قاعدة خماسية، ويندرج تحت الزمرة النقطية D5h؛ يظهر هذا الشكل في مركبات مثل سباعي فلوريد اليود IF7 ومعقدات بيروكسو الكروم.

البنية الجزيئية المستوية المربعة نمط هندسي جزيئي تتوضع فيه ذرات المحيط على رؤوس مربع مستوٍ يحيط بذرة مركزية، وتنتمي هذه البنية إلى التناظر D4h وتناسقها ٤ وزوايا الروابط المثالية ٩٠°؛ أمثلة عليها رباعي فلوريد الزينون XeF4، أيون رباعي كلورو البلاتينات ٢−PtCl4 والمركب سيسبلاتين.

البنية الجزيئية المستوية الثلاثية نموذج يتوسطه ذرة مركزية محاطة بثلاث ذرّات طرفية في نفس المستوى مكوِّنة مثلثًا؛ في الحالة المثالية تكون الزوايا ١٢٠° وتبعَث الزمرة النقطية D3h. في العضوية يرتبط المركز الكربوني بثلاث روابط بتهجين sp2. أمثلة: BF3 وH٢CO وSO٣ وNO٣− وCO٣٢−.