مشروع إم كي ألترا برنامج سري لوكالة المخابرات المركزية الأمريكية خصص لأبحاث السيطرة على العقل وتطوير عقاقير وإجراءات للاستجواب القسري والتجارب على البشر، أشرفت عليه شعبة الاستخبارات العلمية بالتنسيق مع وحدات عسكرية، وما زالت تفاصيله وآثاره محل جدل ونظريات.

يُذكر أن ويليام كولبي، المدير السابق لوكالة المخابرات المركزية الأمريكية، عُثر على جثمانه عند ضفة نهر في جنوب ماريلاند بعد اختفائه ثمانية أيام. يعكس العثور على جثمان ويليام كولبي نهاية حياة شخصية معتادة على العمل الاستخباراتي ومسؤولة عن إدارة وكالة المخابرات المركزية، وتسببت ظروف اختفائه والعثور عليه في تزايد التكهنات والتساؤلات حول ملابسات وفاته وسبب وجوده قرب نهر في منطقة جنوب ماريلاند. تُذكر هذه الحادثة كحقيقة مرتبطة بوفاة ويليام كولبي وبمكان وزمن العثور على جثمانه بعد ثمانية أيام من اختفائه.

تفويض رئاسي صدر في ١٩٨١ سمح لوكالة المخابرات المركزية الأمريكية بالمشاركة في دعم ومساندة المتمردين الكونترا في نيكاراغوا، إذ وقّع الرئيس رونالد ريغان وثيقة قرار الأمن القومي رقم ١٧ التي منحت وكالة المخابرات صلاحية تجنيد وتقديم الدعم للمجموعات المعارضة للنظام في نيكاراغوا، وهو إجراء جسّم دور الوكالة في عمليات خارجية سرية تضمنت تمويل وتدريب وشبكات لوجستية لدعم هذه المجموعات في مواجهة الحكومة الساندينية المحلية.

دروبماير برنامج مراقبة سري لوكالة الأمن القومي الأمريكية يستهدف رصد السفارات الأجنبية وموظفي السلك الدبلوماسي، بما في ذلك حلفاء الناتو؛ كُشف عنه في يونيو ٢٠١٣ عبر إفشاءات إدوارد سنودن التي أشارت إلى أن ٣٨ سفارة على الأقل كانت عرضة للمراقبة وبعضها منذ ٢٠٠٧.

برنامج فينيكس كان برنامجًا أطلقته وكالة المخابرات المركزية الأمريكية ونُفِّذ خلال حرب فيتنام بين ١٩٦٨ و١٩٧٢، واستهدف تفكيك بنى حزب العمال التحرري والقيادات المشتبه بها، وقد أُفيد بأن أنشطته تسببت في مقتل نحو ٢٦٠٠٠ شخص وإصابة نحو ٨١٠٠٠ شخص.