حفريات المسجد الأقصى مجموعة أعمال حفر وتنقيب نفذتها سلطات ومؤسسات إسرائيلية حول المسجد الأقصى وتحته بعد احتلال القدس، وارتبطت بهدم حي المغاربة وفتح الطريق إلى باب المغاربة وتحويل المنطقة المجاورة لحائط البراق إلى ساحة للمصلين اليهود. تطرح إسرائيل هذه الحفريات بوصفها أعمالاً أثرية وبحثية، بينما تعدها الجهات الفلسطينية والإسلامية محاولة للسيطرة على مواقع دينية إسلامية وتهديداً لأساسات مباني الحرم القدسي. أثارت هذه الأعمال توتراً دائماً بسبب ارتباطها بالمكانة الدينية والسياسية للمسجد الأقصى وبالمخاوف من تقسيمه أو تغيير وضعه التاريخي القائم.