الأحياء الدقيقة كائنات حية صغيرة لا ترى غالباً بالعين المجردة، وتشمل البكتيريا والعتائق والفطريات المجهرية والأوليات وبعض الطحالب والفيروسات في سياقات علم الأحياء الدقيقة. توجد في التربة والماء والهواء وأجسام الكائنات الحية، ولها أدوار حاسمة في التحلل والتخمير والدورات البيوجيوكيميائية والصحة والمرض. يستخدمها الإنسان في الغذاء والدواء والصناعة والبحث العلمي، بينما تسبب بعضها أمراضاً خطرة. يمثل علم الأحياء الدقيقة مجالاً أساسياً لفهم الحياة الخفية وتأثيرها الواسع في البيئة والإنسان.