الكاكاو النقي يحتوي على مواد كيميائية طبيعية في بذور الكاكاو تُظهر قدرة على مكافحة البكتيريا الضارة في الفم، ويُعتقد أن هذه المركبات قد تساهم في الوقاية من تسوس الأسنان بتقليل نمو البكتيريا المسببة لتكوّن الحمض الذي يهاجم مينا الأسنان. تشير بعض الدراسات إلى أن المركبات الفينولية والفلڤونويدية الموجودة في الكاكاو قد تقلل من التصاق البكتيريا بالأسنان وتُضعف نشاطها، وبالتالي تساعد في تقليل خطر حدوث تجاويف وتسوس مع الحفاظ على نظافة الفم إلى جانب ممارسات العناية الفموية الأخرى مثل تنظيف الأسنان بالخيط والفرشاة والوقاية المهنية.
