تُعزى نشأة جزر «غالاباغوس» إلى البقعة الساخنة المعروفة باسم «غالاباغوس»، وهي منطقة بركانية تقع في شرق المحيط الهادئ، حيث أدّى نشاطها المستمر عبر زمن طويل إلى تكوين هذه الجزر. وتمثل هذه البقعة مصدرًا رئيسيًا للصهارة التي صعدت من باطن الأرض وراكمت مواد بركانية فوق قاع المحيط، فانبثقت منها الجزر تدريجياً ضمن سلسلة جيولوجية ارتبطت بهذا النشاط.
