على الرغم من تحسن سجل الحوادث لدى «إيروفلوت» بعد انهيار الاتحاد السوفيتي، فإن ثلاثاً من أكثر حوادثها دموية في تسعينيات القرن العشرين وقعت في الحقبة ما بعد السوفيتية. ويعكس ذلك أن تراجع الحوادث إجمالاً لم يمنع استمرار وقوع كوارث جوية كبيرة خلال تلك الفترة، رغم التحولات التنظيمية والتشغيلية التي شهدتها الشركة في أعقاب التفكك السوفيتي.

وقعت إحدى أسوأ حوادث شركة «إيروفلوت» في أغسطس ١٩٧٩، حين اصطدمت طائرتان من طراز «توبوليف تو-١٣٤» فوق مدينة دنيبروذيرجينسك في الجمهورية الاشتراكية السوفيتية الأوكرانية، ما أسفر عن مقتل ١٧٨ شخصاً. وقد عُدّ هذا التصادم من أكثر الحوادث الجوية مأساوية في تاريخ الشركة، نظراً لعدد الضحايا الكبير وطبيعة الاصطدام الذي وقع في الأجواء.

تحطمت طائرة إيروفلوت رقم ٤٢٢٥ قرب مطار ألماتا الدولي في جمهورية كازاخستان السوفييتية في ٨ يوليو ١٩٨٠، وأسفر الحادث عن مقتل جميع ركاب الطائرة وطاقمها البالغ عددهم ١٦٦ شخصًا. يُعد حادث تحطم طائرة إيروفلوت ٤٢٢٥ واحدًا من كبرى حوادث الطيران التي وقعت على أراضي ما يُعرف اليوم بجمهورية كازاخستان، وقد ارتبط وقوعه بمرحلة تاريخية كانت فيها خطط النقل الجوي والأنظمة التشغيلية تهيمن عليها سلطة شركات الطيران الوطنية السوفييتية وإدارة الطيران المدني، بينما تُشكّل تأثيرات مثل ظروف الطقس أو أعطال الطائرة أو أخطاء التشغيل عوامل محتملة في حوادث من هذا النوع، وتظل الحاجة إلى تحليل أسباب الحوادث وتطوير معايير السلامة الجوية من الدروس المستفادة في تاريخ الطيران المدني.

اختطاف رحلة إيروفلوت ١٠١/٤٣٥ حدث في ١٩ ديسمبر ١٩٨٥، عندما قام الضابط الأول على متن طائرة شركة الطيران السوفيتية «إيروفلوت» بتحويل مسار الرحلة إلى الصين بالقوة. تطوّر الحادث إلى واقعة اختطاف جوية أُعيد فيها توجيه الطائرة من مسارها المقرر إلى مطارات صينية، وهو مثال على حالات الاختطاف التي شهدتها خطوط الطيران الدولية خلال القرن العشرين ويبرز مخاطر التسلسل الهرمي في قمرة القيادة وتأثيرها في سلامة الطيران المدني.

تحطمت رحلة شركة الطيران السوفيتية إيروفلوت رقم ٥١٣ أثناء إقلاعها من مطار كويبشيف في عام ١٩٦٥، وأسفر الحادث عن مقتل ٣٠ شخصًا وإصابة ٩ آخرين. تحطّم الطائرة أثناء مرحلة الإقلاع يمثل أحد أخطر مراحل الطيران بسبب السرعات والوزن وهبوط أو صعود الطائرة المفاجئ، وقد أدت هذه الحادثة إلى فقدان عدد من الركاب وأفراد الطاقم وإلى إصابات متفاوتة بين الجرحى. يظل حادث تحطم رحلة إيروفلوت ٥١٣ مثالًا على حوادث الإقلاع التي تتطلب تحقيقات لتحديد الأسباب الفنية أو البشرية أو البيئية التي قد تسبّب فشل عملية الإقلاع، مع اتباع إجراءات السلامة الجوية لتحسين معايير التشغيل في المطارات وطائرات النقل المدني.