عدم التوافق الجيني هو ظاهرة وراثية تؤدي إلى ذرية غير قابلة للحياة أو مصابة أو عقيمة نتيجة عدم توافق جينات الوالدين، وتؤثر عوامل مثل الأليلات غير المضافة والوافق بين بروتينات السطح و"إم إتش سي" وعمليات اختيار الأنثى قبل وبعد الجماع على الخصوبة. تُلاحظ الأمثلة في ذبابة الفاكهة وسمك المريرة الوردية والفئران، ويمكن استغلالها في مكافحة الآفات.
