النظام المترافق في الكيمياء بنية جزيئية تتناوب فيها الروابط المفردة والمزدوجة أو تتجاور فيها مدارات قادرة على مشاركة الإلكترونات. يؤدي هذا الترافق إلى عدم تمركز الإلكترونات فوق عدة ذرات، مما يخفض طاقة الجزيء ويزيد استقراره ويمنحه خواصاً ضوئية وكيميائية مميزة. يظهر الترافق في البنزين والأصباغ والجزيئات الحيوية والبوليمرات الموصلة. يفسر هذا المفهوم ألوان كثير من المواد وتفاعليتها وقدرتها على امتصاص الضوء ونقل الشحنة، ولذلك يعد أساسياً في الكيمياء العضوية والمواد.

بنية جزيئية ثنائية الهرم المثلث نمط هندسي جزيئي تَحُوِّط فيه ذرة مركزية بخمس ذرات فرعية متموضعة على رؤوس هرمين مثلثين متقابلين، مما يعطي ترتيباً ثلاثي المحاور غير متناظر طولياً؛ أطوال الروابط تختلف فراغياً، وأمثلة غازية عليها خماسي فلوريد الفوسفور وخماسي كلوريد الفوسفور.

اللولب المزدوج للحمض النووي بنية جزيئية يتكون فيها الحمض النووي من سلسلتين ملتفتين حول بعضهما، وترتبط القواعد النيتروجينية بينهما بأزواج محددة. تفسر هذه البنية كيفية تخزين المعلومات الوراثية ونسخها وانتقالها بين الخلايا والأجيال، ولذلك تعد من أهم الاكتشافات في علم الأحياء الجزيئي. دخل مصطلح اللولب المزدوج الثقافة العامة بوصفه رمزاً لفهم الشفرة الوراثية.

البنية الجزيئية المستوية الثلاثية نموذج يتوسطه ذرة مركزية محاطة بثلاث ذرّات طرفية في نفس المستوى مكوِّنة مثلثًا؛ في الحالة المثالية تكون الزوايا ١٢٠° وتبعَث الزمرة النقطية D3h. في العضوية يرتبط المركز الكربوني بثلاث روابط بتهجين sp2. أمثلة: BF3 وH٢CO وSO٣ وNO٣− وCO٣٢−.

يُعدّ البروتين «كونكانافالين إيه» مثالاً على بنية جزيئية غير مألوفة، إذ يمكنه أن ينشطر أولاً إلى جزأين ثم يعيد التجمع من جديد بترتيب مختلف في ما يُعرف بالترتيب المُبدَّل دائرياً. ويعكس هذا السلوك قدرة بعض البروتينات على الحفاظ على تماسكها البنيوي رغم إعادة وصل أجزائها الداخلية على نحو لا يتبع التسلسل الأصلي نفسه، من دون أن يفقد ذلك خصائصه الأساسية.